La Gola de Marchamalo es uno de los cinco canales, junto con el del Charco, La Torre, el Ventorrillo y el Estacio, que comunican las aguas del Mar Menor con el Mediterráneo. Como quiera que el Mar Menor carece de mareas importantes, la función de esta gola, como las demás es la de compensación de las aguas pluviales que vierten en la laguna y el intercambio de nivel de acuerdo con la presión atmosférica o el régimen de vientos. Es este mecanismo de comunicación el que como consecuencia de la intensa evaporación del Mar Menor, da origen a la sobresalinización que a su vez genera los movimientos migratorios de los peces entre ambos mares, lo que ha dado origen al sistema de pesca de encañizadas diseñado en tiempos de la dominación árabe.

En 1762 se otorgó la licencia de construcción de la Gola de Marchamalo, para su explotación pesquera con el nombre de Encañizada de Calnegre, al Real Hospital de la Caridad de Cartagena. Esta obra constituye la única comunicación totalmente artificial del Mar Menor con el Mediterráneo, lo cual provoca una cierta dificultad de mantenimiento para mantenerla libre de los sedimentos de arena que tienden a cegarla.

El canal de Marchamalo por su escasa profundidad, no permite el tránsito más que a piraguas o embarcaciones de poco calado. Pese a ser un canal de construcción enteramente artificial, mantiene su función de regulador de niveles entre los mares.